1985年，中共中央出台《关于科学技术体制改革的决定》，开启了中国科技事业发展的新时代。正是在这一年，中国科学院科技政策与管理科学研究所适应时代需要应运而生。

　　中国科学院科技政策与管理科学研究所是科技体制改革的产物。20世纪70年代末80年代初，中国科技界在经历了拨乱反正和思想解放以及恢复与重建科研秩序等一系列重大变迁之后，开始科技体制改革实践。为适应这一快速变化形势，1977年9月中国科学院恢复政策研究室，1981年9月中国科学院学部联合办公室设立管理科学组。1978年3月，中国科学院设立《自然辩证法通讯》杂志社。随着改革的不断深入，战略、政策和管理问题研究日益受到科学院领导层的重视。

　　1984年11月29日，中国科学院政策研究室起草完成《关于成立科技政策与管理研究所的初步设想》，提议在中国科学院政策研究室、管理科学组和《自然辩证法通讯》杂志社基础上成立科技政策与管理科学研究所。

　　1985年6月25日，科技政策与管理科学研究所成立大会召开。

　　建所以后，研究所积极开展组织建设和科技布局。1987年1月，经与应用数学研究所协商，报经中国科学院批准，中国科学院应用数学所优选法与管理科学研究室划转科技政策与管理科学研究所。